Верхнеколымская основная школа была открыта, как Верхнеколымская начальная школа 1 сентября 1988 году. Первый директор Веклич Татьяна Григорьевна. Первые учителя начальных классов: Винокурова Е.Д., Яковлева Н.И., Винокурова М.К., учителя родного языка Булдыкина С.И., Уткина И.И. В 1991 году (директор Чукрова М.Н.) в школе открыли 5 класс, затем в 1992 году открыли 6 класс ,1994 году школа получила статус неполной средней школы. 4 апреля 2005 году школа по постановлению МО « Верхнеколымский улус» № 18 преобразована в МОУ « Верхнеколымская основная общеобразовательная школа».
